医院注重学科建设和人才培养，以科技提高医疗质量，促进医院可持续发展。拥有国家重点学科2个[内科学（传染病），外科学（普外）]，国家临床重点专科7个[心血管内科、血液内科、心脏大血管外科、口腔颌面外科专业、临床护理、检验科、重症医学科]、浙江省重点学科4个（内科学、外科学、肿瘤学、口腔临床医学），浙江省医学重点学科群1个（器管移植学科群），浙江省医学重点学科17个，浙江省中医药重点学科8个。

• 传染病学科:
  以病毒性肝炎诊治、艾滋病等新发与再现传染病研究、感染微生态学以及传染病诊断新技术、抗菌素应用见长。特别是学科带头人李兰娟院士等构建了一种将非生物人工肝和生物人工肝结合的新型混合型人工肝支持系统，被国际学术界公认开辟了重型肝炎肝衰竭治疗的新途径，显著提高重型病毒性肝炎治疗效果。急性、亚急性重型肝炎治愈好转率从11.9%上升至78.9%，慢性重型肝炎治愈好转率从15.4%上升至43.4%，许多病人经人工肝治疗后不仅摆脱了死亡的阴影，而且重返工作岗位，最长存活病例已达20年以上。截止2011年年底已应用ALSS成功治疗重型肝炎1500余例，5000余例次，显著提高了重型肝炎肝衰竭的疗效，肝功能显著改善，血浆内毒素和病毒载量明显下降，意识障碍消失或明显好转，重型肝炎肝衰竭患者抢救成功率显著提高。李兰娟院士作为国际上最大的人工肝组织的领头人，向全国30余个省市300余家医院积极推广了人工肝治疗方法。
• 肝胆胰外科:
  肝胆胰外科是国内规模最大、设施最先进、实力最雄厚、治疗效果最优，提供全方位医疗诊治服务的肝胆胰外科中心。在肝癌、胆管癌、胰腺癌、重型胰腺炎等综合治疗方面处国内领先水平，每年肝切除例数超过800例。肝移植中心是国内规模最大、疗效最佳的器官移植中心之一。截止2011年年底，学科带头人郑树森院士至今已主刀完成肝移植1073例，包括全国最小年龄婴儿活体肝移植、国内首例成人扩大右半肝活体肝移植及高龄患者肝移植。目前良性终末期肝病患者术后1年生存率95.2％，达到国际先进水平。肝肾联合移植患者存活时间13年创全国最长纪录，胰肾联合移植患者已存活18年，创造并保持亚洲最长纪录。郑树森院士作为首席科学家连续两次主持器官移植领域的国家重大基础研究计划(973计划)项目,带领科研团队创建了被国际肝移植界广泛认可的肝癌肝移植“杭州标准”；领导的肝移植团队走出国门,两次远渡重洋，主刀完成了印度尼西亚历史上第一例成人间活体肝移植手术、雅加达首例儿童活体肝移植手术以及第一例精准右半肝、最小年龄的右半肝切除术和数台高难度的肝癌切除手术。与此同时，医院肝胆胰外科和肝移植的国际影响力和辐射力与日俱增，与美国加州大学洛杉矶分校医学中心联合成立了国际顶级的肝病中心,将我国肝胆胰外科和肝移植事业推向世界水平。
• 血液病科采用综合治疗方法，治疗各类白血病一直处于国内领先水平。此外，擅长恶性组织细胞病、骨髓增生异常综合征等血液系统恶性肿瘤及血小板减少性紫癜、各类贫血等诊治。骨髓移植中心非亲缘异基因骨髓移植技术目前处国内领先水平，临床开展总例数国内最多。肾脏病中心肾移植技术目前处国内先进水平，迄今完成肾脏移植超过3000例。该科在国内首创移植内外科结合，中西医结合，肾病的早期诊治、延缓肾衰、肾脏替代和移植的肾脏病一体化治疗。应用连续性肾脏替代疗法抢救危重病的技术处国内领先水平。此外，心内科在省内率先开展介入性心脏疾病诊断和治疗，在射频消融术治疗心律失常方面疗效显著，达到国内先进水平。心胸外科擅长心脏瓣膜置换、肺癌的诊治，体外循环心脏直视手术成功率高，达到国内先进水平，近年来开展了多种心脏病的微创手术，并成功开展心脏移植、心肺联合移植、心肾联合移植、高难度再次肺移植手术。泌尿外科在泌尿系肿瘤的诊治、尿路结石的体外碎石、男性学临床研究等治疗方面有独到的经验。消化内科擅长内窥镜诊治消化系统疾病及胃癌、消化性溃疡、胃肠功能障碍等治疗。呼吸内科是省内成立最早的呼吸专科，集临床、教学、科研为一体；在移植后难治性肺部感染、急性呼吸窘迫综合症、肺癌的早期诊断和个体化治疗、胸腔积液的病因诊断、耐药结核病、慢性气道疾病及经皮肺穿刺等技术方面有深厚造诣；在省内最早开展支气管检查，诊断和镜下治疗处于全国领先。肛肠外科在结直肠手术、造瘘术、内外痔诊治等方面成绩显著。微创外科中心微创手术应用范围省内最广，久负盛名。口腔颌面外科在口腔颌面部肿瘤诊治、颌面外伤的畸形微创整复与重建治疗方面，处于全国先进水平。眼科发挥在屈光学研究领域的传统优势，率先在亚洲地区开展ICL手术矫治高度近视，手术技术达到国际、国内领先水平，前后节联合手术技术、玻璃体视网膜微创手术技术达到国内先进水平。神经内科在省内较早地全面开展血管内治疗、认知随访与癫痫术前五维定位技术，诊治成功率与疗效显著，达到省内先进水平。胃肠甲状腺乳腺外科在胃肠道、乳腺、甲状腺肿瘤的诊断和个体化综合治疗方面有着丰富的临床经验和雄厚的技术力量，尤其在胃癌的新辅助化疗、胃肠间质瘤的靶向治疗、乳腺癌的保乳和前哨淋巴结活检、外科患者术后早期营养支持治疗等领域具备相当实力，处于国内先进水平。皮肤科开设种类齐全的皮肤性病科及美容专科临床诊治项目，承担多层次科研、教学及创新任务，是省内目前首屈一指的皮肤和美容综合诊治中心。泌尿外科在泌尿系肿瘤、前列腺疾病、泌尿系结石、男科疾病的诊治及泌尿外科微创技术治疗方面有独到的经验。血管外科是全省唯一独立设置的血管外科亚专科，主要诊治主动脉夹层、腹主动脉瘤、布加综合症、动脉硬化闭塞等疾病，开展的血管腔内修复技术，在国内处于领先水平，年手术量及介入治疗量超过1000台。