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我院创建于1952年，原名广兴联合中医院，是华东地区最早建立的中医院之一。建院之初，医院设有内科、针灸科，开放病床10张，全院职工仅11人。1971年9月，医院正式更名为杭州市中医院。1979年1月，医院迁入武林门新址，新建病房楼，床位增加到200张，职工人数增加到近400人。1989年，医院成为浙江中医药大学（原浙江中医学院）的非隶属附属医院，承担和接收该校学生的见习、实习等教学任务。1994年医院被国家中医药管理局评定为三级甲等中医院和全国示范中医院，2004年和2011年两次通过浙江省中医药管理局组织的三级甲等中医院复评验收工作，2009年医院被列入全国"重点中医院"建设单位，同年被国家中医药管理局列入首批全国100个"中医治未病预防保健服务"试点单位和"中药饮片小包装"试点单位，承担全市的中医医疗、预防、科研、教学以及干部保健、体检的任务，在杭州百姓和老干部中享有良好的口碑。

医院始终以科学发展观为指导，全面推进公立医院改革，坚持抓好名院、名科、名医的"三名"工程建设，深入开展"以病人为中心，以发挥中医药特色优势为主题"的中医医院管理年活动，强化中医药特色建设，突出中医药临床疗效，在医疗质量、学科建设、人才培养、中医药文化建设等方面都有了明显的提升。
医院现有国家级重点学科2个（肾病学科、中医妇科学科）、卫生部中医临床重点专科2个（中医肾病科和中医妇科）、国家中医药管理局重点专科8个（肾病科、妇科、心血管科、骨伤科、推拿科、针灸科、脾胃病科、护理学（肾病方向））、国家三级实验室1个（病理生理肾病实验室），国家级重点研究室1个（肾病风湿证治研究室），国家级名老中医传承工作室3个（王永钧、俞尚德、何嘉琳），省级重点学科、专科7个（肾病学科、中医妇科学科、心血管科、骨伤科、推拿科、针灸科和肛肠科）、省级重点实验室1个（中西医结合肾病学实验室），市级重点学科10个（肾病科、中医妇科、心血管科、推拿科、针灸科、骨伤科、内分泌科、肿瘤科、脾胃病科、乳腺外科）。中医肾病学科"IgA肾病的中医药诊治研究"列入全省中医药重大疾病科技创新平台。

肾病科现开放床位150张， 2016年门诊达20万多人次，出院4000多人次，区域外病人比例达60%以上，已经成为国内中医院规模最大的肾病治疗中心之一，也是"十一五"国家重点专科肾病专业协作组组长单位。王永钧课题组"IgA肾病中医证候学研究"课题获省科学技术进步奖一等奖，这也是市属医院目前获得的科研类别的最高奖项。王永钧主任医师2011年11月参加第44届"美国肾脏病年会"，这是世界级顶级西医医学大会，作为唯一一名中医在现场做了专题报告。
妇科是医院最早建有的科室之一，两位奠基人是已故国家级名中医、何氏妇科传人何子淮、何少山先生。现开放床位60张，2016年门诊达30万人次，出院近3000人次，其中接受中医保胎治疗的患者占69.5%，接受不孕治疗的患者占18.3%。在运用中医药治疗不孕不育、反复自然流产、月经不调、子宫内膜异位症、急慢性盆腔炎等疾病上疗效显著，在省内外享有较高的声誉，吸引了来自全国各地的众多病人。院内制剂安胎合剂、涤净洗剂、妇外IV号等广泛应用于临床，中药饮片占药品比例大于60%。

近五年，医院共列入各级各类计划项目221项，其中国家级项目4项（其中科技部支撑项目2项，国家自然基金1项）、省部级项目17项（省科技厅重大项目1项、面上项目7项，省自然基金项目6项，国家中医药管理局项目3项）、厅市级项目200余项、市局级项目81项，纵向科技经费达2000余万元。获得各级各类科技进步奖、成果奖、专利97项次，其中国家科技进步一等奖、省科技进步一、二、三等奖、中华中医药科技进步二等奖、厅市科技进步一等奖、二等奖、三等奖等115项，国家专利16项。